自(zì )西(👷)元20XX年,人(📒)类从(cóng )肯亚图(tú )尔卡纳湖的(de )(🕸)湖畔(pàn )挖出了一(🍥)个名叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之(zhī )(😧)后,便开始对它进行(háng )研(yán )究,后来有人重建出来所谓的(🗄)“神之语言(yán )”,并建立电(🛹)脑程式以(🐖)启(🕌)动原(yuán )始(shǐ )索哈(hā )尔(🗑),进行和上位领域的(de )U-DO(上(shàng )位(wèi )领域当中(zhōng )的红(hóng )色(sè )波动存在(📯))连结的连(lián )结实验(yàn ),但(🌑)很不幸地,从上位领域流入(rù )下位领域的(de )能量造成了事象变移(yí ),使地(dì )球(游戏中所谓的“失落耶(👺)路撒冷”)几乎完从(🚴)从宇宙中“消失(shī )”,人类因(yīn )而被迫逃亡(wáng ),离开地球(qiú )。到(🈸)了四千(🐛)年多(⛏)后,在故事(🃏)开(🌪)始前十五的T.C.4753年,米(mǐ )尔奇亚行星(⏲)(Miltia)爆(bào )发了所谓的(🏃)米(🔞)尔奇亚冲(chōng )突事件,在此次事(shì )件当(🔥)中(zhōng ),米尔奇亚行星的人(rén )类疑似遭到了格(🍺)诺西斯(Gnosis)的攻(🕺)击,并在冲突事件(jiàn )后消失(🈺),但(🧥)事件(👅)的(🈳)真(🐈)相却因为(🌲)米尔奇亚的(🐱)消失(💛)而(ér )不为人(rén )知。在事(🈸)件(🙅)后,启动原始索哈尔(后来人(rén )类(lèi )制(zhì )造出了十(shí )二(èr )(⛎)具索哈尔(ěr )模拟(🏗)体(👔),因(🔮)此原有的索哈尔就被称(chēng )之(zhī )为(🤠)原始索哈尔)所需的神(🥈)之语言、原始索哈尔的研(yán )(🔂)究成果(🏉)、米尔奇(🚔)亚的U.M.N.座标等事物(wù ),都被封存在Y资料(liào )当中(zhōng ),而(ér )(📒)Y资料又(yòu )被(💽)封(fēng )(💍)存在(zài )百式观测(😫)用合(hé )成(🛒)人(Relian)M.O.M.O.的意识(👉)内,然而(🈲)这么做却引起(🐔)了各(gè )方势(🐊)力对(🏈)M.O.M.O.的争夺,因此(cǐ )星团联(lián )邦政府(🍑)(游戏中统治各行星的政(zhèng )府,英文名(🈹)Galaxy Federation)雇了(le )一个名叫(jiào )Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以(💃)保护M.O.M.O.的安(ān )(🔝)全。另一方面(🐩),在米尔奇亚(yà )冲(chōng )突事(📜)件(🍀)结束(shù )后(🚩)的十(shí )几(📀)年,也就是(shì )大约(yuē )在(🤥)游戏EPI开始的时候,当时(🚮)最(zuì )大的(📊)企(qǐ )(📂)业贝克达公(gōng )司以对抗格诺西斯(🧢)侵扰的名义(🔵),进行对(🥤)格(🎑)诺西斯用战斗(🙈)兵(👵)器KOS-MOS的开(kāi )发计划(huá ),但和当时(🎴)多使用合(🍚)成人(Relian)与生化人(Cyborg)的(🌮)情况(kuàng )所不(bú )同(tóng )的是,KOS-MOS是(🍝)个(🐻)纯(chún )粹(🔪)的机械制品(pǐn )。另(🥟)一方面(miàn ),在(😤)EPI开(♊)始(shǐ )时,参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝克达公(gōng )司(sī )(🏽)第一开发局(jú )研究人员卯月(yuè )紫(📘)苑(🕤),正乘(chéng )着当时(🛹)载有还没(🈶)正式启动(🍵)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途(👥)。但没(méi )想到其太(🕙)空船却被冲(chōng )著(📔)索哈尔而来的(💝)格诺西斯所(suǒ )攻(🐥)击,而KOS-MOS也在(zài )此(cǐ )时突然启动,卯月紫苑因而被卷(juàn )入一(yī )连串和(hé )格(🔙)诺西(㊙)斯及索哈尔(ěr )有(🔐)关的(⏺)阴(☔)谋,以(yǐ )及会改变(🌓)人类命运的事件当中……