自西元20XX年,人类从肯(kěn )亚图尔卡纳(😘)湖(🕟)的(de )湖(🛍)畔(🔱)挖出(🤢)了一(yī )个名叫索哈尔(ěr )(🥈)(Zohar)的(🐮)物体之后(🎾),便(🌫)开(👋)始对它进行研(🏇)究(♑),后(hòu )来(🚤)有人重建出来所谓的“神之语言”,并建(jiàn )立(🥄)电脑程式(🚥)以(🐖)启动(dòng )原始(shǐ )(🎿)索哈(🥞)尔(ěr ),进(🍮)行(háng )和上位领域(🚑)的U-DO(上(shàng )位领(💞)域当中的红色(sè )波(🔩)动存在(📯))连结的连结实验,但(dàn )很(hěn )(🎛)不幸(㊗)地,从(💻)上位(🙂)领域流入(rù )下位领域的能量造成了事象变移,使地球(游(yóu )戏(xì )中(🔔)所(suǒ )(🚻)谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从(cóng )从(cóng )宇宙中“消失”,人类因而(ér )被迫(🥊)逃亡,离开地球。到(🈸)了(le )四千年多(⛏)后,在故事开始(shǐ )前十五的T.C.4753年,米尔奇亚行(🤥)星(Miltia)爆发了(le )所谓的(de )米尔奇(qí )亚冲突事件,在此次事件当中,米尔奇亚(yà )(🚽)行星的人类疑似遭(zāo )到了(le )格诺西斯(👚)(Gnosis)的攻击,并在(🚤)冲突事件(jiàn )后(❄)消失,但事件(jiàn )的真(🐈)相却因(yīn )为(wéi )米尔奇亚(yà )的消失而不为人(rén )知。在事(shì )(🈸)件后,启(🍾)动原始(🚓)索哈尔(ěr )(后来人类(lèi )制造(zào )出了(le )十二具索哈尔模拟(nǐ )(🏗)体,因此原有(yǒu )的索哈尔(😻)就(♈)被称之为原始索哈尔(👡))所(🐼)需的(de )神(shén )(🥈)之(zhī )语言(yán )、原(yuán )始(🏒)索(suǒ )哈(🎆)尔的(de )(🦄)研究成(chéng )果、米(mǐ )尔奇亚的(🌮)U.M.N.座标(🤳)等事物,都被封存在Y资(➿)料当中,而Y资(zī )料又被封存在(zài )百式(shì )观测用(🕠)合成(🛒)人(Relian)M.O.M.O.的意识内,然(🚞)而这么做却引起了各(gè )方势力对M.O.M.O.的(de )(☔)争(📧)夺,因此(🤩)星团联邦政(zhèng )(📒)府(🍑)(游(yóu )(🙎)戏(📦)中统(🎁)治各行(háng )(👂)星的政府,英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了一个名(🏰)叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以保护M.O.M.O.的安(🔝)全。另一(🥖)方面,在(zài )米尔(🕎)奇亚冲突事件结束后的十几年(nián ),也就(jiù )是大约(🎄)在游戏(xì )EPI开(kāi )始(👮)的(de )时候,当时(shí )最大的企业(🚔)贝克(kè )达公(🈳)司以对抗(kàng )格诺西(xī )斯(sī )侵扰的名义(yì ),进(👋)行对格诺西斯用(yòng )战斗兵器KOS-MOS的开发计(jì )划(huá ),但和当(dāng )时(🎴)多使(shǐ )用合成人(Relian)与生化(huà )人(Cyborg)的情(🚁)况所不(bú )同(🗂)的是,KOS-MOS是个纯粹的机(🔢)械(xiè )制品。另一方面,在EPI开始(shǐ )时,参与KOS-MOS开(📠)发计划的贝克达(dá )公司第一开发局研究人员(😯)卯月紫苑,正(zhèng )乘着(🛹)当时载(🥪)有还没正(🧀)式启(⬇)动的KOS-MOS的Woglinde号太空(kōng )船进行(háng )旅途。但没想(xiǎng )到(🧦)其(qí )太空(kōng )船(chuán )却被冲(chōng )著索哈(hā )尔(ěr )而来的格诺(🖐)西斯(sī )所攻(🐥)击(👼),而KOS-MOS也在此时突(🐉)然启动,卯(mǎo )(😾)月紫(🏆)苑(😐)因而被(📲)卷入一连(♌)串和格诺(nuò )西斯及索哈尔有(🔐)关的阴谋(móu ),以及会改(gǎi )(♊)变人类命(🐬)运(yùn )的事件(🆔)当中(🕥)……